La primera noticia es del siglo XIII; en 1350 estaba habitado por 11 “fuegos” o casas que en 1427 se habían reducido a 9, las mismas que tenía en 1514, hasta que en 1640 llegó su despoblación definitiva. Curiosamente su iglesia conservó el culto hasta 1691 año en el que el obispo de Pamplona ordenó su cierre.

Se conservan numerosos procesos judiciales de sus habitantes y del ordenamiento de pagos de pechas e impuestos al Reino. A mediados del siglo XV hubo una granizada que destrozó las cosechas e hizo que el rey Carlos III les perdonase el pago de impuestos. En otro proceso de 1630 Bartolomé Calvo, escultor vecino de Mendaza pleiteó contra D. Francisco López, abad de Mendaza y testamentario del difunto abad de Desiñana, reclamándole 40 ducados que el segundo le debía por el retablo construido por Calvo para la iglesia de Desiñana.

Existe una leyenda que cuenta que sus habitantes murieron todos por culpa de la peste, y que sólo quedó una anciana. Inicialmente la mujer fue a Asarta - el pueblo más cercano - para ver si la acogían, pero sus habitantes por miedo a contraer la misma enfermedad que había asolado a sus vecinos no le permitieron quedarse. Sin embargo al acudir a Nazar sí que la recibieron y dice que por ello donó todas las tierras y posesiones a esta población. Se trata de una leyenda incierta en cualquier caso y prueba de ello es que en el siglo XIX Nazar y Asarta se disputaron en varias ocasiones la posesión de Desiñana ante los tribunales. Hubo al menos tres procesos, en la primera sentencia se dividió el término a partes iguales entre ambos pueblos; posteriormente se hizo la división en proporción al número de habitantes de cada uno, pero en la última y definitiva de 1850 se otorgó la posesión total a Nazar.

Durante la I Guerra Carlista fue un lugar donde se apostaba en las batallas el general Zumalacárregui por la visión que se tiene desde allí de gran parte del territorio.

Hoy la imponente ruina de los muros de su iglesia, sus capiteles de los que parten los nervios de la antigua bóveda gótica y un bonito “ojo de buey” en el muro sur son el último testigo de aquella población del Valle y un lugar privilegiado para divisar el espectacular paisaje de La Berrueza.